git pullなどをすると認証を要求されるようになってしまった

解決方法

Git に GitHub の認証情報をキャッシュする - GitHub Docs

上記の通り、git-credential-managerをインストールし、Github Mobile上で承認したところコマンドラインからGitHubアクセスしても認証が不要になった。

原因がよくわかっていないがとりあえずこれでよしとする。